Предполагается, что Троицкая церковь в деревне Свиблово существует со времен Дмитрия Донского, и была построена, когда деревней владели бояре Свибловы. Однако, первое достоверное документальное упоминание храма относится к началу XVII века, когда по приказу владельца села Андрея Львовича Плещеева с 1622 по 1623 год на месте старой деревянной церкви выстраивают новую. В 1677 году сын Андрея Львовича Михаил, унаследовавший деревню, вновь перестраивает церковь и пристраивает к ней придел во имя митрополита Алексия. В 1672 году усадьба переходит к малолетней дочери Михаила Марье, которую воспитывает её дядя Кирилл Алексеевич Нарышкин — он же в 1708 году выстраивает в деревне каменные палаты и каменную церковь, а в 1709 году пристраивает к ней колокольню. В 1938 году храм был закрыт. В 1970—1980-х годах в усадьбе Свиблово проводились реставрационные работы, затрагивающие и здание храма. В 1990 году Патриарх Алексий II обратился с просьбой о возвращение храма Русской православной церкви, которая была удовлетворена. В 1994 году храм получил статус патриаршего подворья, в 1995 году здесь возобновляются богослужения. В 2008 году храм отметил 300-летний юбилей со дня освящения.