Летописной даты церковь не имеет. В начале 2000-х годов С. В. Заграевский обосновал датировку храма во временном промежутке с середины 1470-х до середины 1480-х годов. Церковь Трифона - один из наиболее ранних сохранившихся памятников архитектуры Москвы; первый древнерусский храм, перекрытый крещатым сводом.
Спойлер
В 1930 году храм был закрыт, в 1930—1940-х годов проводились реставрационные работы под руководством П. Д. Барановского и Л. А. Давида, которые освободили памятник от поздних пристроек и придали ему облик, близкий к первоначальному. В 1992 году после многолетнего запустения в храме были возобновлены службы. Согласно легенде, церковь была построена сокольничьим Ивана Грозного (по другой версии Ивана III), Трифоном Патрикеевым, который упустил царского сокола во время охоты. Это могло стоить ему жизни, и сокольничий горячо молился святому Трифону, своему покровителю, чтобы он помог найти сокола. Явившийся сокольничьему во сне святой указал место, где находится птица; в благодарность Трифон возвёл на этом месте храм в честь святого Трифона. Этот эпизод описан в романе А. К. Толстого Князь Серебряный. Легенда была отражена на одной из фресок храма (XVI—XVII веков), изображающей всадника с соколом на вытянутой руке. Адрес: Трифоновская улица, д. 38