Музей Балтийского флота был основан в 1957 г. Долгое время находился в Таллине. В 90-х годах переехал в Балтийск.
В настоящее время музей флота находится в здании, построенном в 1903 г., в котором до 1945 г. располагались судебные органы г. Пиллау. Фонды музея насчитывают более 20 000 экспонатов: фотографий, документов, наградных знаков, моделей кораблей, образцов вооружения, произведений изобразительного искусства, формы одежды. Среди уникальных экспонатов: штурвал императорской яхты "Полярная звезда", кабинет вице-адмирала С.О. Макарова, корабельные модели, документы и вещи лучших флотоводцев Балтийского флота, абордажное и огнестрельное оружие, нагрудные знаки