В 1692 году по благословению патриарха Адриана началось возведение нового собора, сохранившегося до нашего времени. Он строился на деньги Натальи Нарышкиной, матери Петра I, и средства князей Голицыных и Долгоруковых. В него перенесли чудотворную Казанскую икону, которая в Смутное время находилась в ополчении Минина и Пожарского. Нижняя церковь во имя Казанской иконы Божией Матери была освящена в декабре 1693-го, верхний храм в честь Богоявления Господня — в 1696 году. Через год в нём создали придел в честь святителя Алексия. В 1705-м верхний храм украсили лепными барельефами в итальянском стиле, выполненными мастерами из Швейцарии под руководством архитектора Джованни Марио Фонтана. По другой версии, руководителем работ был Джованни Франческо Росси .