Никольский собор существовал в монастыре уже в конце XIV века. Каменный храм появился по всей вероятности в XVI веке после пожара 1521 года. В дальнейшем собор два раза капитально перестраивали: после Смутного времени и в середине XIX вв.
Cпасо-Преображенский собор был заложен в 1880 г., в год 500-летия монастыря. Вначале предполагалось использовать проект Б.Ф. Фрейденберга, но в итоге предпочтение было отдано проекту А.С. Каминского. Храм в русско-византийском стиле был в основном завершен к 1889 г., но внутренняя отделка продолжалась до 1894 г. Расписывал собор М.Н. Сафонов по рисункам А.С. Каминского.